Οι Αστρακοί αναφέρονται από το 1271 και ορθότερα σε άλλα συμβόλαια του 1278 , με την ονομασία Astracu. Το 1583 το χωριό αναφέρεται στην απογραφή του Καστροφύλακα ως Astracus Catto με 230 κατοίκους.
Η αρχαιότερη μνεία του οικισμού βρίσκεται σε συμβόλαιο του 1271 του συμβολαιογράφου του Χάνδακα Pietro Scardon, όπου:Ο Ruggeruw de Fulco, κάτοικος του χωριού Stracu υπόσχεται να δώσει στο χρυσοχόο Georgio Cimiski, κάτοικο Χάντακα, 50 μίστατα καλό κρητικό κρασί, από τα αμπέλια που καλλιεργεί στο χωριό.
Στους Αστρακούς βρίσκουμε πολλές παλιές εκκλησίες, όπως της Παναγίας, με υπολείμματα τοιχογραφιών και ανάγλυφο στέμμα με 4 τριαντάφυλλα, δικέφαλο αετό και τη χρονολογία 1555. Σύμφωνα με τον Gerola το στέμμα πρέπει να ανήκει στον οίκο Καλλέργη. Αξιόλογος είναι επίσης ο ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου με τοιχογραφίες αγίων, μεταξύ των οποίων και ο Άγιος Φραγκίσκος.
Κοντά στους Αστρακούς οι αρχαιολόγοι έφεραν στο φως νεκροπόλεις της μινωικής και της πρωτογεωμετρικής περιόδου με σημαντικά ευρήματα. Έχει ανακαλυφθεί επίσης τυχαία μινωικός λύχνος.
